جندی شاپور یکی از هفت شهر اصلی خوزستان بود. نام آن در آغاز «گوند–دزی-شاپور» به معنی «دژ نظامی شاپور» بوده‌است. دیگر نام‌هایی که برای آن به‌کار می‌رفته عبارت است از پیل‌آباد، خوز، نیلاب، نیلاط. در سریانی آن را بیت لاباط می‌نامیدند.

برخی پژوهشگران بر این عقیده ‌اند که بنیادی همانند به جندیشاپور از زمان پارتیان در این جایگاه قرار داشته‌است. شهری به نام جندی شاپور را شاپور یکم فرزند اردشیر ساسانی پس از شکست دادن سپاه روم به سرکردگی والرین، بنا نهاد. شاپور یکم جندی شاپور را پایتخت خود قرار داد.

نام آوری جندی شاپور بیشتر در زمان خسرو انوشیروان ساسانی انجام گرفت. خسرو انوشیروان گرایش فراوانی به دانش و پژوهش داشت و گروه بزرگی از دانشوران زمان خود را در جندی شاپور گرد آورد. در پی همین فرمان خسرو بود که برزویه، پزشک بزرگ ایرانی، مأمور مسافرت به هندوستان شد تا به گردآوری بهترین‌های دانش هندی بپردازد. امروزه شهرت برزویه در ترجمه‌ای است که از کتاب پنچه تنتره هندی به پارسی میانه انجام داد که امروزه به نام کلیله و دمنه معروف است.

بنابراین فرهنگستان جندی شاپور از کانون‌های اصلی دانش‌ورزی، فلسفه و پزشکی در جهان باستان شد. در برخی منابع اشاراتی به انجام آزمون و امتحان برای اعطاء اجازه طبابت به دانش‌آموختگان دانشگاه جندی شاپور شده‌است. کتاب «تاریخ‌الحکمه» (سرگذشت فرزانگی) به توصیف این مسئله می‌پردازد. شاید این نمونه نخستین برگزاری آزمون دانشگاهی در جهان بوده باشد.

تمامی کتاب‌های شناخته شده آن روزگار در زمینه پزشکی، در کتابخانه جندی شاپور گردآوری و ترجمه شده بود، با این‌کار جندی شاپور تبدیل به کانون اصلی انتقال دانش میان شرق و غرب گشت. جندی شاپور و همچنین آموزشگاه وانسیبین که پیش از فرهنگستان جندی شاپور در دزفول بنیاد شده بود تأثیر بزرگی در شکل گرفتن نهاد «بیمارستان» به‌ویژه کلینیک آموزشی در جهان داشتند.

دانشگاه جندی شاپور در عصر خود بزرگترین مرکز فرهنگی شد. دانشجویان و استادان از اکناف جهان بدان روی می‌آوردند. مسیحیان نسطوری در آن دانشگاه پذیرفته شدند و ترجمه سریانی‌های آثار یونانی در طب و فلسفه را به ارمغان آوردند. نو افلاطونیها در آنجا بذر صوفی‌گری کاشتند. سنت طبی هندوستان، ایران، سوریه و یونان درهم آمیخت و یک مکتب درمانی شکوفا را به وجود آورد. به فرمان انوشیروان، آثار افلاطون و ارسطو به پهلوی ترجمه شد و در دانشگاه تدریس شد.

قدیمی‌ترین دانشگاه جهان( گندی شاپور دزفول) را شاهپور اول فرزند اردشیر بنا نهاد. جندی‌شاپور را آنگونه که مورخین نوشته‌اند یکی از نواحی هفتگانه خوزستان می‌دانستند که از ابتدا (اهواز) مرکز آن استان به شمار می‌رفته است، و در دوره شاپور دوم، جندی‌شاپور پایتخت دولت ساسانی و مرکز خوزستان گردید.

این شهر در جنوب غربی ایران در خوزستان و نزدیک شوشتر واقع شده بود. اکثر محققین دوره تاریخی، ساسانیان را مبتکراصول شهرسازی و معماری می‌دانند؛ چرا که شهرهای زیادی در این دوران ساخته شد. دانشگاه جندی شاپور که در نوع خود از مهمترین مراکز علمی دنیای کهن بود در این دوران ساخته شد. این مدرسه گرچه از زمان شاپور اول پایه ریزی شده بود، اما توسط این پادشاه تعمیر و گسترش یافت. دانشگاه جندی شاپور از مهمترین مراکز آموزشی و تحقیقی دنیای آن زمان بود که تعداد زیادی دانشمند و پزشک در آن مشغول به تدریس، تحصیل و طبابت بودند. در این مرکز علاوه بر کتب تالیف شده دانشمندان ایرانی، بسیاری از کتاب‌های یونانی و هندی را به پهلوی ترجمه کرده و آنها را تعلیم می‌دادند. با مطالعه و بررسی این دانشگاه می‌توان به قدمت تعلیم و تعلم رسمی در ایران پی برد.

در زمان انوشیروان عده ای از فلاسفه یونان، که بعد از تعطیلی آکادمی آتن به دلیل تعصب امپراطوری روم به ایران پناهنده شدند، مورد حمایت این پادشاه قرارگرفتند. آنان در دانشگاه جندی شاپور به تدریس مشغول شدند. انوشیروان حتی عده ای را به هندوستان فرستاد تا به فراگیری علوم بپردازد. طب یونان در مدرسه جندی شاپور رواج یافت. فلسفه ارسطو و افلاطون در زمان انوشیروان به فارسی ترجمه شد. برزویه طبیب نیز در زمان انوشیروان به هند رفت و با تنی چند از دانشمندان و کتب هند به ایران بازگشت.

مدرسه جندی شاپور در علم کیمیا (شیمی)، زیست شناسی و علوم پزشکی نقش مهمی داشته است. انوشیروان گذشته از تاسیس دانشکده طب جندی شاپور، به تاسیس مدرسه دیگری که در آن ریاضیات، فلسفه و نجوم تدریس می‌شد در جندی‌شاپور اقدام کرد.

گفتنی است، در سال ۱۷هجری و به روایتی دیگر سال ۱۹هجری این شهر توسط مسلمانان فتح می‌شود؛ تصرف این شهر بدون جنگ و خونریزی صورت گرفته، بدین معنی که دروازه‌های شهر باز بوده و مردم به مانند زمان صلح بدون اسلحه به شهر وارد و یا از آن خارج می‌شده‌اند. در اوایل اسلام هم شهرت این شهر علاوه بر دانشگاه معتبر پزشکی، به صنایع دستی، زراعت، نیشکر و برنج‌کاری فراوان آن بوده که محصول آنها به نقاط دوردست هم صادر می‌شده است. شهر جندی‌شاپور تا ۳۷۲ هجری قمری آباد بوده و در قرن ششم هجری به گفته مقدسی (مورخ) بواسطه حمله عشایرعرب به ویرانه‌ای تبدیل می‌شود. مدرسه مذبور، که مهمترین مرکز پزشکی عصر به شمار می رفت، محیطی برای مرکز تجمع دانشمندان با ملیتهای گوناگون بود.

به دستور انوشیروان، در جوار دانشکده پزشکی، ضرورتاً بیمارستانی نیز تأسیس گردید. جرجی زیدان (نویسنده مسیحی عرب) در این مورد می‌نویسد: خسرو انوشیروان در جندی‌شاپور برای معالجه بیماران و آموزش پزشکی، بیمارستان جندی‌شاپور را دایر نمود و از هندوستان و یونان پزشکانی استخدام کرد تا در آنجا طب هندی و طب یونانی (بقراطی) تدریس کنند، درنتیجه ایرانیان دارای دو رشته پزشکی شدند و بیمارستان جندی‌شاپور شهرت بی‌نظیری در دنیای آنروز پیدا کرد. جرجی زیدان تحت عنوان (بیمارستان‌های اسلام) می‌نویسد: بیمارستان کلمه‌ای فارسی است و به معنای محل بیماران می‌باشد. در دوره تمدن اسلامی، بیمارستان مشتمل بر مدارس طب هم بوده و همانجا درس طب می‌خواندند و عملاً از بیماران معاینه و شناسائی می‌نمودند. عربها ایجاد بیمارستان را از ایرانیان آموختند و همانند بیمارستان جندی‌شاپور که بزرگترین بیمارستان پیش از اسلام بود، بیمارستان‌هائی در نقاط مختلف ممالک اسلامی داير کردند.

بیمارستانهای معروف عضدالدوله در شیراز و بغداد، بیمارستانهای متاخر دمشق و رفاهی براساس نمونه جندی شاپور بنا گردیده بودند. در این میان نقش دانشگاه جندی شاپور را در انتقال علم کیمیا نیز به هیچ وجه نمی‌توان نادیده گرفت.

جندی شاپور به هنگام فتوحات اعراب مهمترین مرکز پزشکی جهان بوده است. این دانشگاه تا قرنها از مشهورترین دانشگاههای جهان بود.

از آنجا که در ایران در عصر ساسانی میان ایران، هند، یونان و چین مبادلات زیادی انجام می گرفت لذا همه آنها در این دانشگاه گرد هم می‌آمدند. ایرانیان، علوم دنیای باستان را متعهدانه به مسلمانان انتقال دادند و نقش بزرگی در برگرداندن آثار پهلوی به عربی داشتند. آنان همیشه در ریاضیات و نجوم متبحر بودند و بسیاری از نظریات و متون که در این زمینه از فارسی به عربی منتقل شده است. در جندی شاپور علاوه بر دانشگاه، بیمارستانی نیز تاسیس شد. این شهر بعد از تصرف شوشتر به تسخیر اعراب مسلمان درآمد که دانشگاه آن تا قرن سوم هجری بر جای مانده بود.

این دانشگاه در اندک زمانی پس از سقوط ساسانیان، با سرپرستی ایرانیان به کار خود ادامه می‌داده است. شهر جندی شاپور نیز پس از چند سده رو به نابودی رفت و در مهاجرت بزرگی، خیل نوادگان این دانشمندان به شهرهای دزفول و شوشتر رفتند. هم اکنون از این دانشگاه جز آثار خرابه‌ای که در موقعیت کنونی شهر جندی شاپور – روستای شاه آباد دزفول – چیزی نمانده که آن‌ها هم، در اثر فعالیت های کشاورزی در خطر نابودی کامل هستند.

کتاب‌هایی که از فعالیت در این دانشگاه باقی مانده است، در دنیا هنوز نیز مرجعی برای بسیاری از موضوعات علمی بویژه پزشکی است. ویل دورانت، تمدن ایرانی را، بواسطه داشتن این دانشگاه می ستاید.

انیشتن، در غیاب شاگردش پروفسور حسابی، او را بخاطر تعلق به کشوری که در ‌١٧٠٠ سال پیش دانشگاهی آنچنان داشته است، می ستاید و به او می‌بالد. انیشتن اینچنین می‌گوید: در زمانی که پیشینیان من در جنگل‌های اروپا همدیگر را می‌خورده‌اند، در سرزمین ایشان دانشگاه برقرار بوده است.

جالب اینجاست، که در خود این سرزمین، کمتر کسی حتی نام این دانشگاه را می‌داند.