بر طبق آیین‌نامه اجرایی ماده ۹ قانون حمایت از شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان سازمان امور مالیاتی کشور، کلیه واحدهای فناوری مستقر در پارک‌های علم و فناوری نسبت به درآمدهای حاصل از فعالیت‌های قيد شده در مجوز پارک از معافیت مالیاتی موضوع ماده ۱۳ قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری مصوب ۱۳۷۲ و اصلاحیه‌های بعدی آن با رعایت سایر مقررات آیین‌نامه اجرایی ماده ۴۷ قانون برنامه پنج ساله چهارم توسعه برخوردار خواهند بود. همچنین شرکت‌های مستقر در پارک از معافیت از پرداخت عوارض، حقوق گمرکی، سود بازرگانی و عوارض صادراتی بهره‌مند می‌شوند.